Todo comienza en África, hace 80 mil años. En medio de una sequía donde todo está muriendo, nos encontramos con el personaje más importante de la historia: Eva Mitocondrial, el ancestro más remoto de todos los seres humanos. Su especie entera está al borde de la extinción. Eva debe tomar una decisión trascendental para salvar su vida y la de su especie: irse o quedarse. El camino que elegirá depende del público. Raíz 2.0 es una obra de teatro optativo.
Al terminar esta primera escena, los espectadores deberán ponerse en su lugar y elegir una de estas dos posibles rutas. Otros dilemas sucederán al final de cada una de las escenas representadas hasta llevarnos hacia uno de los 12 posibles finales, en el México actual. Raíz 2.0 reconstruye la historia migratoria de la humanidad para entender nuestro presente en el reflejo del pasado.